結論から言うと、育児・介護休業法の2025年10月改正に就業規則が対応できていないスタートアップは、両立支援等助成金の審査でほぼ確実に引っかかります。
2025年10月に施行された改正では、3歳から小学校就学前の子を養育する労働者に対して「柔軟な働き方を実現するための措置」を講じることが事業主に義務付けられました。具体的には、以下の5つの選択肢から2つ以上を就業規則に定める必要があります。
- 始業時刻等の変更（フレックスタイム制・時差出勤など）
- テレワーク等の導入（月10日以上利用可能）
- 保育施設の設置運営等
- 就業しつつ子を養育することを容易にするための休暇の付与（年10日以上）
- 短時間勤務制度
スタートアップでよくあるのが、「うちはもともとフルリモートだし、フレックスも導入済みだから大丈夫でしょ」という認識です。しかし、制度として就業規則に明文化されていなければ、助成金の審査上は「未整備」と判断されます。
パターン1：就業規則に「柔軟な働き方選択制度」が明記されていない
2025年10月改正で新たに義務化された「柔軟な働き方選択制度」は、就業規則または育児・介護休業規程に具体的な措置内容を記載する必要があります。
私がIPO準備中のクライアント3社の労務監査で見てきた経験からすると、シリーズA〜Bのスタートアップの約7割は、2025年4月の改正（子の看護休暇の対象拡大、テレワークの努力義務化）には対応したものの、10月施行分の就業規則改定を後回しにしていました。
両立支援等助成金を申請する際、労働局は就業規則を必ず確認します。育児・介護休業法の現行規定に対応していない就業規則が添付されている時点で、審査は通りません。「制度を先に整えてから」助成金を考える。これが鉄則です。
パターン2：雇用環境整備措置の「3年以内ルール」を知らない
令和8年度（2026年度）から、出生時両立支援コース（子育てパパ支援助成金）の申請要件に新しいルールが追加されました。雇用環境整備の措置が「申請日の概ね3年以内」に実施されたものでなければ、要件を満たさないというものです。
以前、あるスタートアップ（社員15名）で男性社員が育休を5ヶ月取得したケースがありました。バックオフィス担当が経理と労務を兼務しており、育休終了後に申請するつもりでいたところ、育休開始から起算した申請期限を超過してしまい、不支給になったことがあります。この経験から、全クライアントに「育休発生→就業規則確認→申請スケジュール設定」のチェックリストを導入しました。
3年以内ルールも同じ構造の問題です。創業時に作った雇用環境整備の研修資料をそのまま使い回しているスタートアップは、実施日を必ず確認してください。3年以上前の資料では要件を満たしません。ただし、育児休業に関する相談体制の整備については概ね3年以上前に実施したものも対象になるという特例があります。
パターン3：出生時両立支援コース第2種の「特定事業主」拡大を見逃している
令和8年度のもう一つの重要な変更点として、出生時両立支援コース第2種（男性育休取得率向上）の対象が、従来の「中小企業事業主」から常時雇用労働者300人以下の「特定事業主」へ拡大されました。
朝のSlack確認で、クライアントから「うちはIT企業で資本金5億あるけど社員80人なんですが、中小企業に該当しますか？」という質問が来ることがあります。資本金基準では中小企業に該当しないスタートアップでも、常時雇用労働者300人以下であれば第2種の申請対象になったわけです。
第2種は、男性労働者の育児休業取得率が1事業年度で30ポイント以上上昇し、かつ50%以上に達した場合に60万円が支給されます。社員数の少ないスタートアップでは1〜2人の育休取得で取得率が大きく変動するため、制度設計次第で十分に狙えます。
「制度先行」で助成金は副産物になる
以前、シリーズBのSaaS企業から「キャリアアップ助成金を狙いたい」と相談を受けたことがあります。社員30名で、就業規則は雛形のまま。正社員転換規程・教育訓練規程を3週間で整備して申請した結果、1500万円が採択されました。しかし、本当の成果は助成金の額ではなく、社員転換ルールが社内文化として定着したことです。
助成金は人事制度の副産物です。育児・介護休業法の改正対応を「コストのかかる法令遵守業務」としてではなく、「人事制度を体系的に整備するタイミング」として捉えれば、助成金は自然についてきます。
特にIPOを見据えているスタートアップは、上場審査で労務コンプライアンスを厳しく問われます。就業規則が現行法に対応していないという事実は、上場審査においても重大なリスクです。3年後の人事制度として残るかどうか——この基準で判断すれば、今回の改正対応は最優先事項であることが分かるはずです。
対応チェックリスト
スタートアップが今すぐ確認すべき項目を整理します。
- 就業規則・育児介護休業規程に「柔軟な働き方選択制度」が2項目以上明記されているか
- 過半数代表者からの意見聴取を実施しているか（義務化要件）
- 雇用環境整備措置の実施日が申請日から3年以内か
- 自社の常時雇用労働者数が300人以下であれば、第2種の申請対象であることを認識しているか
- 男性社員の育休取得が発生した場合の申請スケジュール（期限管理）を設定しているか
よくある質問（FAQ）
Q1. 育児・介護休業法2025年10月改正の就業規則対応は、社員が全員男性のスタートアップでも必要ですか？
A. はい、必要です。法令上の義務は、対象となる子を養育する労働者の有無に関わらず、就業規則に制度を定めること自体に課せられています。将来的に対象社員が出た時点で即座に制度を利用できる状態にしておく必要があります。
Q2. 「柔軟な働き方選択制度」の5つの措置のうち、スタートアップにはどの組み合わせが多いですか？
A. 私のクライアントでは、①始業時刻等の変更（フレックス）と②テレワーク（月10日以上）の組み合わせが最多です。リモートワークを既に導入済みの企業が多いため、最小コストで対応できます。ただし、口頭での運用ではなく就業規則への明文化が必須です。
Q3. 出生時両立支援コースの第1種と第2種は同じ年度に申請できますか？
A. いいえ、同一事業年度に第1種と第2種の両方を申請することはできません。また、第2種の申請後に第1種を申請することもできません。申請戦略を事前に検討しておくことが重要です。
Q4. 雇用環境整備措置の「3年以内ルール」の特例とは何ですか？
A. 育児休業に関する相談体制の整備（相談窓口の設置など）については、概ね3年以上前に実施したものでも要件を満たすという特例があります。ただし、研修や資料配布については3年以内の実施が求められます。
Q5. IPO準備中のスタートアップは、助成金申請よりも法改正対応を優先すべきですか？
A. 結論から言うと、両方を同時にやるのがベストです。法改正に対応した就業規則を整備すれば、その結果として助成金の申請要件も満たせます。IPO審査では「現行法令への準拠」が確認されるため、法改正対応の遅れは上場スケジュールに直接影響します。
