結論から言うと、両立支援等助成金の「育休中等業務代替支援コース」は令和8年度に大幅拡充されたものの、派遣社員を代替要員に使う場合の要件は意外に厳しいです。スタートアップでよくあるのが、「育休が出た、すぐ派遣を入れよう」というスピード優先の対応。この発想自体は正しいのですが、助成金の申請要件を知らないまま進めると不支給になります。
私のクライアントでも、令和8年度の拡充ニュースを見て「派遣で代替要員を入れれば最大81万円もらえるんですよね？」と相談に来るスタートアップが増えています。しかし、実際に申請まで辿り着けるのは相談件数の半分以下。今回は、派遣社員を代替要員にする際にスタートアップが陥りやすい3つの不支給パターンを解説します。
令和8年度「育休中等業務代替支援コース」の拡充ポイント
まず前提として、令和8年度の主な変更点を押さえておきましょう。
- 新規雇用（派遣含む）の支給額引き上げ：1年以上の代替期間で最大81万円（プラチナくるみん認定は99万円）
- 手当支給等の雇用労働者数要件が撤廃：これまで対象外だった企業も申請可能に
- 対象企業の拡大：300人以下の企業全体が対象
この拡充で「うちも使える」と思うスタートアップは多いのですが、支給額が上がった分、審査も厳格化しています。特に派遣社員を代替要員にする場合、以下の3パターンで不支給になるケースが頻発しています。
パターン1：派遣契約の開始時期が要件を満たしていない
スタートアップでよくあるのが、「エンジニアのAさんが育休に入る1週間前に慌てて派遣を手配する」というケースです。
育休中等業務代替支援コースの「新規雇用」区分で派遣社員を代替要員にする場合、代替要員の雇用契約の始期は「事業主が育児休業取得者（男性の場合はその配偶者）の妊娠の事実を知った日以降」でなければなりません。
ここで問題になるのが、スタートアップ特有の「事前に派遣会社と枠を確保しておく」慣行です。例えば、常時3名の派遣エンジニアを入れているSaaS企業が、そのうち1名をAさんの業務に充てる──この場合、その派遣社員の契約開始日がAさんの妊娠を知る前であれば、「新規」の要件を満たしません。
さらに、Xでも話題になっていましたが、派遣先企業が派遣会社や派遣社員に対して「増員採用です」と説明しておき、実際には育休の代替だった──というケースは、助成金の趣旨に反する運用として不支給どころか不正受給のリスクがあります。派遣契約書に代替の目的を明記し、透明性を確保することが大前提です。
対策
- 妊娠報告を受けた日を社内で記録に残す（Slackのタイムスタンプでも可）
- 派遣契約書に「育児休業取得者○○の業務代替」と目的を明記する
- 既存の派遣社員の配置転換ではなく、新規の派遣契約で手配する
パターン2：代替要員の業務内容が育休取得者と一致していない
これはIPO準備中のスタートアップで実際にあった事例です。経理担当のBさんが育休に入る際、派遣社員を入れたものの、Bさんの業務のうち「経理」だけを派遣に任せ、「総務・庶務」は他の社員に分散させました。
一見合理的な対応ですが、助成金の審査では代替要員が育休取得者の「業務」を代替していることが求められます。育休取得者の業務の一部しか代替していない場合や、明らかに異なる業務に従事している場合は不支給のリスクがあります。
以前、IPO労務監査を担当したシリーズBのSaaS企業で、育児介護休業法の2025年10月施行分（「柔軟な働き方選択制度」義務化）への就業規則改定を後回しにしていた企業が約7割ありました。制度を先に整えてから助成金を考える──この順番が逆になると、就業規則上の職務定義があいまいなまま派遣契約を結ぶことになり、業務内容の一致を証明できなくなります。
対策
- 育休取得者の職務記述書（ジョブディスクリプション）を事前に作成する
- 派遣契約の業務内容と育休取得者の職務を照合できる状態にする
- 就業規則の職務定義を明確化し、育児介護休業法改正にも対応しておく
パターン3：申請期限の起算日を間違える
これが最も多い不支給パターンです。育休中等業務代替支援コース（新規雇用）の申請期限は、育休取得者が職場復帰した日の翌日から起算して2か月以内です。
スタートアップでよくあるのが、「育休が終わったら申請しよう」と考えていて、復帰日を正確に把握していないケース。特に育休を延長した場合や、復帰日が当初の予定から変更になった場合に、起算日がずれて期限を過ぎてしまうことがあります。
実は以前、クライアントのスタートアップ（社員15名）で男性社員が育休を5か月取得した際、バックオフィス担当が経理と労務を兼務しており「育休終了後に申請するつもり」だったのですが、申請期限は育休開始日から起算されるパターンもあり、気づいた時には期限超過していた──ということがありました。以降、全クライアントに「育休発生→就業規則確認→申請スケジュール設定」のチェックリストを導入しています。
少人数のスタートアップほど、労務担当が他の業務と兼務していて期限管理が後回しになります。朝のSlack確認のルーティンに「助成金申請期限カレンダー」を組み込むくらいの仕組み化が必要です。
対策
- 育休開始日・復帰予定日・申請期限をGoogleカレンダーに即日登録する
- 復帰日の1か月前にリマインダーを設定し、書類準備を開始する
- 育休延長が発生した場合は、即座に申請期限を再計算する
「手当支給等」と「新規雇用」、スタートアップはどちらを選ぶべきか
ここまで「新規雇用（派遣含む）」の落とし穴を解説しましたが、実はスタートアップには「手当支給等」の方が使いやすいケースも多いです。
手当支給等は、育休取得者の業務を既存の社員に割り振り、その社員に手当を支給する方式。令和8年度から雇用労働者数の要件が撤廃されたため、10名以下のスタートアップでも申請可能になりました。最大支給額は125万円（育児休業の場合）と、新規雇用の81万円を上回ります。
社員10名前後のスタートアップなら、派遣を入れるよりも既存メンバーで業務を分担し、その分の手当を支給する方が、助成金の要件を満たしやすく、かつ支給額も高い。結論から言うと、「派遣で代替」は社員30名以上で職務が明確に分かれている企業向けです。
まとめ：制度を先に整えてから派遣を手配する
両立支援等助成金「育休中等業務代替支援コース」は令和8年度に拡充され、スタートアップにとって使いやすくなりました。しかし、派遣社員を代替要員にする場合は以下の3点を必ず確認してください。
- 派遣契約の開始時期：妊娠の事実を知った日以降の新規契約であること
- 業務内容の一致：育休取得者の職務と派遣の業務内容が一致していること
- 申請期限の管理：復帰日の翌日から2か月以内に申請すること
助成金は人事制度の副産物です。就業規則の職務定義、育児介護休業法改正への対応、業務分担のルール化──これらを先に整えれば、助成金の要件は自然と満たせます。逆に、助成金ありきで派遣を手配すると、不支給どころか不正受給のリスクすら生まれます。
よくある質問（FAQ）
Q1. 派遣社員ではなく業務委託（フリーランス）を代替要員にした場合も助成金の対象になりますか？
A. なりません。育休中等業務代替支援コースの「新規雇用」区分は、直接雇用または派遣受入れが対象です。業務委託契約のフリーランスは雇用関係がないため、代替要員として認められません。
Q2. 男性社員の育休（パパ育休）でも派遣社員を代替要員にして申請できますか？
A. はい、可能です。出生時育児休業（産後パパ育休）を含む育児休業が対象です。ただし、男性の場合は「配偶者の妊娠の事実を知った日」が派遣契約の開始時期の基準日になります。
Q3. 育休取得者が復帰せずに退職した場合、助成金は受給できますか？
A. 育休中等業務代替支援コース（新規雇用）は、育休取得者が原職等に復帰し、復帰後も引き続き雇用されていることが要件です。復帰前に退職した場合は、原則として支給対象外となります。
Q4. 令和8年度の「プラチナくるみん認定」で99万円に増額されるとのことですが、スタートアップでも取得できますか？
A. プラチナくるみん認定は「くるみん認定」を受けた上で、さらに高い基準を満たす必要があります。従業員数の要件はありませんが、行動計画の策定・届出や男性育休取得率等の基準があるため、社員30名未満のスタートアップでは実績作りに時間がかかります。まずは「くるみん認定」の取得から検討してください。
Q5. 「手当支給等」と「新規雇用」を同じ育休取得者について併用できますか？
A. できません。同一の育休取得者について、手当支給等と新規雇用の両方を申請することはできません。どちらか一方を選択する必要があります。企業規模や業務の代替方法に応じて、より要件を満たしやすい方を選んでください。
