結論から言うと、キャリアアップ助成金（正社員化コース）で不支給になるスタートアップの中で、意外と多いのが「転換はした、就業規則も整えた、なのに3%の賃金アップ要件で引っかかった」というパターンです。
正社員化コースでは、有期雇用から正社員に転換した後の6ヶ月間の賃金が、転換前6ヶ月間と比較して3%以上増額していることが支給要件の一つです。一見シンプルな計算に見えますが、「何を分子に入れていいか」「何を除外すべきか」のルールが細かく、スタートアップの給与設計特有の落とし穴が複数あります。
スタートアップでよくあるのが、「基本給を3%上げたから大丈夫だろう」と思い込んで申請するケース。しかし算定対象に含められない手当を含めて計算していたり、逆に含めるべき手当を落としていたりして、審査で否認されるケースが後を絶ちません。
この記事では、年間100件超の助成金を処理する中で実際に遭遇した5つの計算ミスパターンを整理します。
パターン1：固定残業代を賃金総額に含めて3%を計算してしまう
スタートアップの給与設計で最も多い計算ミスがこれです。月給35万円（うち固定残業代8万円）のエンジニアを正社員転換する際、35万円ベースで3%=1万500円の昇給を設計して申請するケースです。
しかし、固定残業代は時間外労働手当に該当するため、3%計算の算定対象外です。正しくは固定残業代を除いた27万円がベースとなり、3%=8,100円以上の増額が必要になります。
さらに厄介なのが、転換時に固定残業代の時間数や金額を変更した場合です。固定残業代を減額した場合は、固定残業代を含めた比較と、除外した比較の両方で3%以上必要になります。シリーズAのSaaS企業で、転換時に固定残業代を月40時間から30時間に減らしつつ基本給を上げた案件がありましたが、除外後の比較では3%を超えていたものの、含めた比較で2.8%にしかならず危うく不支給になりかけました。申請前に気づいたので賃金テーブルを修正してリカバリーできましたが、申請後だったら手遅れでした。
防止策
- 固定残業代を除外した基本給ベースで3%を試算する
- 転換時に固定残業代の時間・金額を変更する場合は「含む/除く」両パターンで試算する
- 就業規則・雇用契約書に固定残業代の時間数と金額を明記する
パターン2：就業規則に記載のない手当を3%の計算に含めてしまう
スタートアップでは、就業規則に規定せずに「○○手当」を支給しているケースが珍しくありません。リモートワーク手当、スキルアップ手当、ツール手当——名称は様々ですが、就業規則に支給要件・金額が明記されていない手当は、3%計算に含めることができません。
あるシリーズBのスタートアップで、転換時に月5,000円の「リモートワーク手当」を新設して3%をクリアしようとしたケースがありました。しかしこの手当は就業規則に未記載で、Slackで全社アナウンスしただけ。当然、算定対象外と判断されました。
防止策
- 転換前に就業規則の手当一覧を棚卸しし、支給中の手当がすべて規定されているか確認する
- 3%の計算に含める手当は、転換日より前に就業規則への記載を完了させる
- 新設する手当は就業規則の改定→届出を先行させる
パターン3：除外すべき手当の種類を把握していない
3%の計算で除外すべき手当は固定残業代だけではありません。以下の手当はすべて算定対象外です。
| 除外される手当 | 理由 |
|---|---|
| 通勤手当 | 実費精算の性質 |
| 住宅手当 | 労働の対価ではない |
| 時間外労働手当（固定残業代を含む） | 所定外労働の対価 |
| 休日労働手当 | 所定外労働の対価 |
| 深夜労働手当 | 所定外労働の対価 |
| 歩合給 | 変動要素が大きい |
| 賞与（3ヶ月に1回以下の支給） | 臨時的な賃金 |
制度を先に整えてから助成金を考える——この原則はここでも当てはまります。手当体系が整理されていないスタートアップでは、そもそもどの手当が算定に入るのか判断できない状態に陥ります。
防止策
- 転換前に「算定に含む手当」「除外する手当」を一覧にして社労士と確認する
- 就業規則の手当の定義で、各手当の性質（労働の対価か、実費精算か）を明確にする
パターン4：賃金支払日ベースの「6ヶ月」の計算期間を間違える
3%の比較対象は「転換日」を基準にした6ヶ月ではなく、賃金支払日ベースの6ヶ月です。ここを間違えているスタートアップが非常に多い。
例えば、4月1日に正社員転換した場合、比較するのは「転換前の賃金6ヶ月分」と「転換後の賃金6ヶ月分」ですが、この「6ヶ月」は賃金の締め日・支払日に基づきます。末日締め翌月15日払いの場合、転換後最初の賃金支払日がいつになるかで計算期間がずれます。
朝7時に起きてSlack確認する日課の中で、クライアントから「転換後6ヶ月の賃金、基準日どこですか？」という質問が一番多いのがこの論点です。カレンダーに賃金支払日ベースの計算期間を落とし込むだけで、計算ミスは大幅に減ります。
防止策
- 転換日と賃金締日・支払日から、比較対象の6ヶ月を具体的にカレンダーに落とし込む
- 計算期間中に昇給・手当変更がある場合、各月の金額を個別に確認する
パターン5：令和8年10月の「生涯設計手当（選択制DC）」算定変更を知らない
これは2026年下半期に正社員転換を予定しているスタートアップにとって最も重要な変更点です。
令和8年（2026年）10月以降の転換では、選択制企業型確定拠出年金（選択制DC）の事業主掛金——いわゆる「生涯設計手当」——の算定取扱いが変更されます。選択制DCの掛金運用額は労働基準法上の賃金に該当しないため、3%の算定対象外となります。
9月30日までに転換した場合は従来の取扱いが適用されますが、10月以降に転換を予定しており選択制DCを導入している企業は、計算方法の見直しにより3%要件を満たせなくなるリスクがあります。
特にシリーズA〜Bのスタートアップでは福利厚生として選択制DCを導入しているケースが増えています。生涯設計手当が月2万円の場合、これが算定対象外になることで、基本給ベースの3%ラインが実質的に変わります。事前のシミュレーションが必須です。
防止策
- 選択制DC導入企業は、10月以降の転換について生涯設計手当を除外した3%シミュレーションを行う
- 9月末までに転換できるスケジュールを検討する
- 基本給の見直しで3%を確保できるか、転換前に設計する
支給申請前ならリカバリーの可能性がある
5つのパターンに共通するポイントとして、支給申請前であれば修正の余地がある場合があります。具体的には、労働条件通知書の修正（合意による再発行）、就業規則の手当規定の追記、賃金テーブルの見直しなどで、3%要件を満たす設計に修正できるケースがあります。
ただし、転換日を遡って変更することはできないため、転換前の賃金設計が重要です。転換を検討し始めた段階で、3%の試算を済ませておくことが最も確実な防止策です。
まとめ：3%計算チェックリスト
| チェック項目 | 確認内容 |
|---|---|
| 固定残業代 | 算定対象外として除外しているか。変更時は含む/除く両方で3%超か |
| 手当の就業規則記載 | 算入する手当がすべて就業規則に規定されているか |
| 除外手当の一覧確認 | 通勤手当・住宅手当等の除外すべき手当を除いているか |
| 計算期間 | 賃金支払日ベースの6ヶ月をカレンダーに落とし込んでいるか |
| 生涯設計手当（10月以降） | 選択制DC導入企業は算定変更を反映しているか |
よくある質問（FAQ）
Q1. 基本給だけで3%上げれば、手当の計算は気にしなくてよいですか？
いいえ。3%の比較は「算定対象となる賃金の総額」で行います。基本給以外にも算定対象となる手当（職務手当、資格手当など就業規則に記載のある手当）がある場合、それらを含めた総額で3%を計算します。基本給だけ3%上げても、他の手当が減額されていれば総額で3%を下回る可能性があります。
Q2. 固定残業代を廃止して全額基本給に組み込んだ場合、3%計算はどうなりますか？
固定残業代を廃止して基本給に組み込む場合、転換前後の比較で固定残業代を含む・含まない両方のパターンで3%以上になっている必要があります。単純な付け替えだけでは3%要件を満たさない可能性があるため、事前のシミュレーションが必須です。
Q3. 転換後に3%を超える昇給をしたのに、計算期間のズレで要件を満たさないことはありますか？
あります。賃金支払日ベースの6ヶ月で比較するため、転換月の賃金がどちらの期間に含まれるかで結果が変わることがあります。特に月半ばの転換では計算期間のズレに注意が必要です。
Q4. 令和8年10月の生涯設計手当の算定変更は、既に転換済みの社員にも影響しますか？
いいえ。令和8年9月30日までに転換した場合は従来の取扱いが適用されます。10月1日以降に転換する場合のみ新しい算定方法が適用されるため、転換時期の検討が重要です。
Q5. 支給申請前に3%の計算ミスに気づいた場合、どうすればリカバリーできますか？
支給申請前であれば、労働条件通知書の修正（労使合意による再発行）で対応できる場合があります。ただし、修正の合理的理由を説明できる必要があるため、早期に社労士に相談してください。転換後6ヶ月の賃金支払いが始まる前であれば、賃金テーブル自体の見直しも選択肢です。
